どうやって選べばいいの？

選び方が決まっている訳ではありませんが、エフマとしての見解を述べさせていただきます。
違いが分かりにくく、選ぶのが難しいのが機能性表示食品にするか？トクホにするか？です。

メーカーによっては全く同じ栄養成分で、全く同じ量が含まれている、機能性表示食品とトクホの商品を販売しているという場合もあります。
その場合、何が違うかというとトクホマークと価格です。トクホは消費者庁が許可しているものであるため、トクホマークが付けられます。
そのため、機能性表示食品よりもトクホの方が少し高く売られていることが多いです。

そうなると聞きたくなるのが「どちらが効くの？」だと思いますが、もし全く同じ成分が同量含まれていた場合、身体に与える影響は、機能性表示食品であろうがトクホであろうが同じです。当然といえば当然なのですが、価格の差は、信頼性のイメージであると言えるでしょう。

しかしながら、ではトクホの方が信頼性が高いのか？と言われると、そうとも限らないのが実情です。
確かに消費者庁の許可があるというのは大きな信頼性に繋がると考えますが、もう一方の機能性表示食品も同様に消費者庁に届出を行い、数カ月間の届出資料のチェックを経て受理されます。この場合も全ての届出が通るのではなく、誤記を初め、安全性や機能性の記載に問題があると判断された場合は指摘を受け、再提出となります。今販売されている殆どの商品は2～3回の出し直しを行い、半年間ぐらいかけて届出受理に至っています。機能性表示食品だからといって簡単に発売できる訳ではないのです。

さらに昔から発売されているトクホについては根拠としているデータが許可当時のままで古くなっている商品もあります。
トクホ制度の開始は1991年、2015年に開始され届出受理数が毎年1000件単位で積みあがっている機能性表示食品と比べると言わずもがなというところです。その一方でトクホは昔から継続して購入された来たことによる食経験（特に安全性）が蓄積されているという面があります。信頼性の高さで比べると一長一短でどちらが優れているとは言い難いので、どちらを選んでも大丈夫ですよというのがエフマの結論です。

栄養機能食品は身体に不可欠なビタミン・ミネラル類のうち、ご自身に不足しているものをピンポイントで補うためにあります。
よって、予め健康診断等で自分に不足している栄養素を確認しておくのが望ましいです。中には過剰に摂取しすぎると逆に不健康になったり、副作用が生じたりする栄養素もありますので、家族や友達に勧められたからと安易に始めるのではなく、ご自身にあったものを選びましょう。
ビタミン・ミネラル類が著しく不足すると不調の原因になるばかりでなく、機能性表示食品やトクホの効果も実感しにくくなることがあります。
栄養機能食品は化粧品で言うところの言わば基礎化粧品にあたります。いくら高級な口紅やアイシャドーなどのメーキャップ化粧品にこだわっても、ベースである皮膚の状態が悪ければ美しさは半減します。もし、普段の生活習慣に問題があり、体調不良を自覚している場合はビタミン・ミネラル類が不足していないかを確かめることが先決です。

以上、想いが強すぎて回答が長くなりましたが結論としては、

になろうかと思います。
あくまでもエフマの見解になりますが、皆様が商品を選ぶ際の参考になれば幸いです。